Это название статьи в журнале BioTechniques сегодня привело меня в шок. Моё понимание того, что транскриптом и малые РНК - это важно, неожиданно связалось с родословной клеток.

Приведу перевод (быстрый с Гуглом) фрагмента 04/16/2014 Kayt Sukel

Когда Йошихиде Хаясидзаки, директор научного центра "Oмики" (OSC) в престижном Института RIKEN в Японии, помог основать проект FANTOM (функциональная аннотация генома млекопитающих) в 2000 году, он не ожидал, что работа международного консорциума может поколебать сложившуюся догму генетической теории.

ФАНТОМ появилась на свет в том же году, как и проект генома человека (HGP), и стала публичным "черновиком" генома человека. Было бы еще три года, прежде чем полная карта группа HPG был опубликован. В то время, Хаясидзаки и его коллеги хотели ФАНТОМ дополнить работу HPG, поэтому они выбрали конкретную цель: обеспечить более глубокое понимание транскриптома, сбор коллекции молекул рибонуклеиновой кислоты (РНК), в том числе, информационной РНК (мРНК), транспортная РНК (тРНК) и других РНК, создаваемых клетками.

Многие группы, анализирующие транскриптом, ограничивали свое внимание только на белок-кодирующих мРНК. Доминирующая теория в области в то время был, что это те РНК, которые только и имеют смысл. Но в 2010 году, группа ФАНТОМ сделал "крутое" заявление, когда после секвенирования как кодирующих так и некодирующих белки полнометражных комплементарных ДНК (кДНК) они сообщили, что более половины генома фактически транскрибируют РНК, в том числе около 15 тысяч некодирующих белки РНК (нкРНК).

"Мы обнаружили, что есть "тонны" некодирующих РНК, "тонны" из них в клетке. Это была такая интригующая находка, которая это не вписывалась в общие знания в то время", - сказал Хаясидзаки. "Это шокировало многих людей, и даже нас".

Хотя они и были озадачены тем, что они нашли, группа Хаясидзаки спрашивает, играют ли эти нкРНК какую-то важную регуляторную роль в экспрессии генов. Сегодня, во многом благодаря новаторской работе Fantom, всеми признается, что более 90% генома транскрибируется. И последующие исследования Fantom показала, что интуиция Хаясидзаки попала в цель: многие нкРНК играют важнейшую роль в регуляции генов, как промоторов генов и усилителей (энхансеров) - в конечном итоге помогают направлять дифференцировку клеток.

Подробнее читайте в двух статьях и в диссертации

Robin Andersson et al. An atlas of active enhancers across human cell types and tissues // Nature 507, 455–461 (27 March 2014)

The FANTOM Consortium and the RIKEN PMI and CLST (DGT). A promoter-level mammalian expression atlas // Nature 507, 462–470 (27 March 2014). Прикол: Scholar Google цитирует как автора (сокращает) в TF Consortium !!!

Michelle Rönnerblad. Dissecting the epigenetic landscapes of hematopoiesis and fission yeast. (Прохождение эпигенетических ландшафтов кроветворения и делящихся дрожжей.) Stockholm 2014