molpit
Login:
Password:
remember

Правило 14 дней для исследований эмбрионов предусматривает, что эксперименты с интактными человеческими эмбрионами не должны позволять им развиваться после 14 дней [Aach2017].

Микрофлюидика позволила создать модель человеческих эмбрионов [Zheng2019]. В качестве клеточной основы были взяты эмбриональные стволовые клетки, которые получают непосредственно из ранних эмбрионов, и индуцированные плюрипотентные клетки, которые получают из клеток взрослых людей, переведенных в зародышевое состояние. Плюрипотентные клетки вводились в гель, где по мере застывания геля они образовали шарики. Затем по соседним каналам вводились в раствор морфогены, влияющие на клеточную судьбу. Время от времени исследователи окрашивали группы клеток на характерные маркеры, чтобы определить, какие популяции клеток составляют шарик-зародыш.

Подробнее аннотацию статьи на русском читайте здесь: Микрофлюидика помогла вырастить из стволовых клеток двухнедельные эмбрионы.

К статье [Zheng2019] прилагается более 100 МБ видео и медиа-файлов, которые вы можете посмотреть в библиотеке. После этого стадии развития зародыша будут вам намного понятнее.

{Aach2017} John Aach, Jeantine Lunshof, Eswar Iyer, and George M. Church. Addressing the ethical issues raised by synthetic human entities with embryo-like features // Elife 6, e20674 (2017). doi 10.7554/eLife.20674

{Zheng2019} Yi Zheng, Xufeng Xue, Yue Shao, Sicong Wang, Sajedeh Nasr Esfahani, Zida Li, Jonathon M. Muncie et al. Controlled modelling of human epiblast and amnion development using stem cells // Nature (2019). Published: 11 September 2019. doi 10.1038/s41586-019-1535-2

Peter Belobrov 17 Sep 2019 15:02

Целые, дробные, рациональные, иррациональные, алгебраические и трансцендентные, вещественные и комплексные, клиффордовы и гиперкомплексные ... и нечисловые уже не числа, но значения, например, образов, клеток и функций ... где число? где абстракция?

Как-то на одном из последних семинаров я забыл точное определение алгебраического числа, хотя правильно утверждал, что квадратный корень из 2 - это алгебраическое число, не не трансцендентное. Здесь опять надо иррациональные и трансцендентные числа различать

Точное определение. Любое число, которое можно получить из целых чисел при помощи четырёх действий арифметики (сложения, вычитания, умножения, деления), а также извлечением корня целой степени, является алгебраическим. Однако не все алгебраические числа можно записать при помощи радикалов. Так, например, согласно теореме Абеля — Руффини существуют многочлены пятой степени с целыми коэффициентами, которые не разрешимы в радикалах. Корни такого многочлена являются алгебраическими числами, которые невозможно построить из целых четырьмя арифметическими действиями и извлечением корней.

Иррациональное число — это вещественное число, которое не является рациональным, то есть не может быть представлено в виде обыкновенной дроби m/n, где m — целое число, n — натуральное число. Иррациональное число может быть представлено в виде бесконечной непериодической десятичной дроби.

Трансцендентное число — это вещественное или комплексное число, не являющееся алгебраическим — иными словами, число, которое не может быть корнем многочлена с целочисленными коэффициентами (не равного тождественно нулю). Можно также заменить в определении многочлены с целочисленными коэффициентами на многочлены с рациональными коэффициентами, поскольку корни у них одни и те же. Все комплексные числа делятся на два непересекающихся класса — алгебраические и трансцендентные. С точки зрения теории множеств, трансцендентных чисел гораздо больше, чем алгебраических: множество трансцендентных чисел континуально, а множество алгебраических счётно. Каждое трансцендентное вещественное число является иррациональным, но обратное неверно.

Peter Belobrov 01 Sep 2019 13:18

Сегодня после доклада PIT и вопроса к нему от BAS понял наконец, что такое «биологическая переменная»! Сначала думал, «ну как может быть переменная для не числовых элементов множества?». Размышлял в категориях переменной, как объекта для проведения вычислений. Но если переменная — это то, что может варьироваться от объекта к объекту, то так понять стало намного проще. Тогда и процесс трансляции — это управляемая клеткой переменная, и процесс брожения в бочке с пивом — это тоже «переменная» (управляемая пивоваром) :)

Ivan Denisov 22 Aug 2019 23:31

Напоминаю, из каких бы клеток не делать органы, киборг "думать" не станет. Авторы статьи [Li2019] использовали метафору "органоиды киборга" для привлечения внимания к их имплантации наноэлектроники через органогенез для тканевой электрофизиологии, что схематически изображено на рисунке ниже. Пресс-релиз органоиды киборга предлагают редкий взгляд на ранние стадии развития поясняет основную мысль ценности реализованной имплантации.

графАннот2 (189Кб)
Графическая аннотация статьи [Li2019]

На русском языке Юлия Воробьева недавно написала хорошую аннотацию пресс-релиза и статьи "Биологи придумали, как вырастить из стволовых клеток киборганоиды", которая позволит вам глубже понять результаты работы [Li2019]. А ещё лучше полистать препринт Li2019pr (pdf, 795КБ). Обращаю ваше внимание, что к статье и препринту прилагаются очень многое поясняющие видео. Посмотрите, многое станет ясным.

{Li2019} Qiang Li, Kewang Nan, Paul Le Floch, Zuwan Lin, Hao Sheng, Thomas S. Blum, and Jia Liu. Cyborg Organoids: Implantation of Nanoelectronics via Organogenesis for Tissue-Wide Electrophysiology // Nano letters (2019). Publication Date: July 26, 2019. doi 10.1021/acs.nanolett.9b02512; // Preprint bioRxiv (2019): 697664. doi 10.1101/697664

Peter Belobrov 14 Aug 2019 22:14

МОЛПИТ -- единственная в мире команда, которая разрабатывает принципиально новый подход к будущей фундаментальной биологии. Если говорить кратко, то через родословную книги клетки.

С точки зрения алгоритмов и программ в биологии Денис Нобл предложил ключевую идею, что традиционных компьютерных программ в живых системах нигде нет. Эта точка зрения критикуется, хотя нами уже сформулирована идея созидающих кодов и формировании собственных биологических алгоритмов в клетках, тканях, органах и организмах по мере биологического развития. Причём сами алгоритмы не наследуются, но наследуется родословная клеточных книг путём перемешивания. Как только это идея овладеет основными научными массами, развивающими фундаментальную биологическую науку, так сразу вспыхнут реальные биологические алгоритмы. Где и как это произойдёт - неизвестно, но это появится в ближайшее время. См Biological Measures (pdf, 1076КБ)

Можно даже сказать как. Понимание этого произойдёт на пути изучения транскриптомики одиночных клеток. Подробнее см посты PIT00470 и PIT00190.

Скачайте себе книгу Pro Git by Scott Chacon and Ben Straub на русском языке, сейчас версия 2.1.21, 2019-07-28

Два примера прояснят суть этого поста и смысл того, почему в происходящей биологической революции, причиной которой стало секвенирование РНК одиночных клеток (scRNA-seq), без Git-технологии, пожалуй, не разобраться.

Dynamo: Mapping Vector Field of Single Cells Xiaojie Qiu, Yan Zhang, Dian Yang, Shayan Hosseinzadeh, Li Wang, Ruoshi Yuan, Song Xu et al. Mapping Vector Field of Single Cells // Preprint bioRxiv (2019): 696724. doi 10.1101/696724

Analysis of single cell RNA-seq data - двухдневный курс по анализу данных по секвенированию РНК одиночных клеток с двумя видео по 8 часов без понимания Git-технологии элементарно не освоишь.

Действуйте. Рекомендуемая книга вам поможет. Мне она точно помогла вздохнуть свежим воздухом новой технологии обмена данными между разработчиками.

Peter Belobrov 09 Aug 2019 21:04
© International Open Laboratory for Advanced Science and Technology — MOLPIT, 2009–2019