|
PIT00432 432 или 440 Гц? № этого поста навеял старый вопрос без точного ответа. После введения нечисловых переменных в проблематику биологических исследований мне стало легче давать определения различным неточным событиям и явлениям, для названия которых ранее привлекалась лишь жаргонная лексика. Ограничусь приведенными ниже ссылками, т.к. понятия гармонии и тембра относятся к нечисловым переменным восприятия музыки не только человеком, но и животными и растениями. https://www.youtube.com/watch?v=JZYBVh1hJis https://www.youtube.com/watch?v=ityz09OCB8U https://www.youtube.com/watch?v=dVCfimZXz3A https://www.youtube.com/watch?v=DC0e44tEKE0 https://www.youtube.com/watch?v=fGGW4LPvOns https://www.youtube.com/watch?v=X2eEHIlCfls https://www.youtube.com/watch?v=Ziai7G38giY https://www.youtube.com/watch?v=tvvrWQvZ6ig https://www.youtube.com/watch?v=3r25dQ_1_Ic Peter Belobrov 17 May 2018 13:14 PIT00431 Измерение – лишь начало исследования На недавнем заседании кафедры 15/5/2018 встретил в презентации курсовой работы таблицы, подписанные "Результаты исследований", хотя никаких исследований в работе не было сделано. Во всех таблицах были приведены лишь результаты измерения, как правило, влияния почвы на люминесценцию биферментной системы в препарате "Энзимолюм", т.е. в некоторой ферментативной измерительной системе. Всё начинается с постановки задачи, для решения которой проводится конкретное исследование. Исследование невозможно без измерений. Даже нечисловые переменные мы пытаемся оцифровать, чтобы провести количественные измерения и сделать анализ, оценки, тестирование и много других действий. Результаты всех этих действий надо точно сформулировать и связать с постановкой задачи, которая решалась. После понимания того, в какой степени решена поставленная задача, формулируется полученное решение поставленной задачи. Это и есть результат исследования. Этой заметкой хочу обратить внимание на цепочку: задача - решение - результат, которая почему-то частенько подменяется описанием процесса некоторых попыток решения нередко даже не сформулированных задач без достижения какого-либо результата. Peter Belobrov 17 May 2018 12:38 Прежде всего, необходимо располагать программным обеспечением. В этой заметке разобраны действия с интерфейсом пакета визуализации молекулярной динамики Visual Molecular Dynamics (VMD) позволяющего отображать расчеты, выполненные с помощью рассчетного кода Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD). Оба эти пакета нахожятся в свободном доступе и скачиваются с сайта разработчика - исследователей из Иллинойского университета Урбана-Шампейн http://www.ks.uiuc.edu/. К каждому пакету имеются руковдства (tutorials), снабженные набором файлов с примерами построений. Поэтому по ходу описания будут встречаться ссылки на эти документы. Рассмотрим последовательность действий с нуля. 0) Нахождение pdb файла всеатомной структуры 1) Создание psf всеатомной структуры запуск модуля, ответственного за генерацию: package require psfgen
указание на файл топологии (конкретно этот файл есть в библиотеке VMD и содержит информацию о структуре некоторых аминокислотных остатков и липидных молекул): topology top_all27_prot_lipid.inp
запись всех атомов, содержащиеся в молекуле из your_molecule.pdb в новый сегмент U: segment U {pdb your_molecule.pdb}
перенос из файла координат атомов, скопированных в сегмент U: coordpdb your_molecule.pdb U
добавление в структуру сегмента U недостающих атомов водорода (на основании информации из файла топологии): guesscoord
запись файла координат с отредактированной структурой: writepdb your_molecule_new.pdb
запись psf для отредактированной структуры - your_molecule_new.pdb: writepsf your_molecule_new.psf
-dispdev text -e ubq.pgn
Если всё пошло хорошо, то в текущую директорию сохранится два файла - psf, ради которого все затевалось и дублированный pdb. 2) Создание pdb, par, top файлов грубозернистой модели структуры 3) Создание psf грубозернистой модели структуры package require psfgen topology cg_molecule.top segment F {pdb cg_molecule.pdb} coordpdb cg_molecule.pdb F guesscoord writepdb cg_molecule_rewritten.pdb writepsf cg_molecule.psf Вот как выглядит одна и та же молекула - бактериальная люцифераза - во всеатомном (верхняя картинка) и в грубозернистом (SBCG) представлении:
4) Запуск молекулярной динамики cellOrigin 225.0 50.0 0.0 // координаты указаны по осям {x, y, z};
Наклон плоскостей параллелограмма сольватоционного бокса задается следующими векторами, сумма которых определяет верхний угол ячейки: cellBasisVector1 1000.0 0. 0. cellBasisVector2 0. 110.0 0. cellBasisVector3 0. 0. 500.0 Для того, чтобы задавать координаты параллелограмма, куда помещается молекула, нужно знать расположение самой структуры. set everyone [atomselect top all]
где atomselect all — команда выбора всех атомов молекулы под порядковым номером, присвоенным ей при загрузке; measure minmax $everyone
определение координат концов диагонали прямоугольного параллелограмма, в который вписана молекула; Рассчитать геометрический центр ячейки можно руками или с помощью команды: measure center $everyone
*** Обратите внимание, что в конфиге для грубозернистой модели присутствует блок "Implicit Solvent" (Неявный растворитель). Это сделано для того, чтобы не учитывать отдельно каждую молекулу воды (размер и масса которых может быть на порядки меньше параметров бусины) (вариант Explicit Solvent - модели явного растворителя), а работать с некоторой экранирующей заряд средой. По сути, переход от микропараметров среды (скорость и расположение молекул растворителя) к макропараметрам (постоянная экранирования). Остается запустить файл конфигурации (1) namd2 cg_mol_solv.conf > cg_mol_solv.log &
где namd2 — указание на файл, выполняющий запуск NAMD-а; при необходимости прописывается полный путь к файлу; По окончании расчета текущая папка пополнятеся 9 файлами, один из которых - журнальный. Для просмотра анимации необходимо загрузить файлы с расширением dcd и старый psf. 5) Дополнительные действия $everyone moveby {37.0 85.5 24.7} // вектор сдвига центра молекулы
И записывать ранее отдельные молекулы в один pdb-файл. Литература (http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials) 1. NAMD tutorial for Unix/Max Galina Shadrina 18 Oct 2017 01:18 PIT00430 Нобелевская премия по химии 4/10/2017 в 16:45К объявлены лауреаты Нобелевской премии по химии Summary https://www.nobelprize.org/ Others Peter Belobrov 01 Oct 2017 16:28 PIT00429 Нобелевская премия по физике 3/10/2017 в 16:45К объявлены лауреаты Нобелевской премии по физике Summary https://www.nobelprize.org/ Peter Belobrov 01 Oct 2017 16:22 © International Open Laboratory for Advanced Science and Technology — MOLPIT, 2009–2018
|
