|
PIT00557 Капли жизни: биологические LLPS Droplets of Life: Membrane-Less Organelles, Biomolecular Condensates, and Biological Liquid-Liquid Phase Separation. Edited by: Vladimir N. Uversky. Academic Press, 2023. 720 p.  О книге. Капли жизни: безмембранные органеллы, биомолекулярные конденсаты и разделение биологических фаз жидкость-жидкость (LLP) содержат фундаментальную информацию о биофизике, биогенезе, структуре, функциях и роли безмембранных органелл. Изучение фазового разделения жидкость-жидкость привлекло большое внимание таких дисциплин, как клеточная биология, биофизика, биохимия и других, пытающихся понять, как, почему и какую роль эти конденсаты играют в гомеостазе и болезненных состояниях живых организмов. Редактор этой книги нанял группу международных экспертов, чтобы предоставить актуальный и авторитетный обзор всех аспектов, связанных с этой захватывающей областью. Ключевые особенности Часть I: Введение в безмембранные органеллы и биомолекулярные конденсаты Часть II: Биология безмембранных органелл Часть III: Патологические роли LLPS Peter Belobrov 08 Jan 2023 01:24 PIT00556 Типы живых клеток Рождественский подарок в этом году шикарный: новые возможности нахождения интересующего вас типа живых клеток в тщательно подобранном репозитории типов клеток с многосторонней характеристикой Cell Taxonomy  Новости сайта 29.07.2022: Обновлены термины для типов клеток, а также связанные идентификаторы таксономии клеточных популяций в исследованиях scRNA-seq. Таксономия установленных типов клеток подробно описана в открытой статье [1].  Рис.1. Схематический обзор содержимого и функций Cell Taxonomy. Данные организованы и просматриваются с точки зрения типов клеток, клеточных маркеров, тканей, видов, условий, исследований и публикаций. Предоставляется многогранная клеточная характеристика, включая подтвержденные литературой данные, обогащение клеточных маркеров, межвидовое сравнение, оценка клеточных кластеров и клеточная характеристика. Два инструмента анализа развернуты онлайн для сравнения и прогнозирования типов клеток.  Рис.2. Статистика таксономии клеток и оценка клеточных маркеров и клеточных кластеров. (A) 10 основных типов клеток, поддерживаемых публикациями, а также их статистика с точки зрения клеточных маркеров, тканей, условий и публикаций. (B) Характеристика клеточных маркеров в аспекте маркеров клеточной поверхности, утвержденных мишеней для лекарств и сохранения у разных видов. (C) 10 лучших поддерживаемых публикациями клеточных маркеров эндотелиальных клеток человека и мыши. Уровни статистической значимости по p-значениям рассчитываются с помощью точного критерия Фишера с коррекцией FDR (BH) и кодируются. (Д) Высоко выраженное соотношение PECAM1 в типах клеток человека. (E) Распределение кратности изменения экспрессии PECAM1 в различных типах клеток человека по образцам. (F) Оценка клеточной специфичности PECAM1 в различных типах клеток человека в образцах. (G) Оценка качества клеточных кластеров для эндотелиальных клеток на основе коэффициента силуэта, оценки чистоты ROGUE и их усредненных оценок, а также количества клеток. (H) график t-SNE типов клеток (см [1]). ОБСУЖДЕНИЕ И БУДУЩЕЕ РАЗВИТИЕ [1] Технологии мультиомного секвенирования отдельных клеток привели к большому количеству исследований отдельных клеток, проведенных по всему миру, в результате чего был получен беспрецедентный перечень типов клеток (refs 48–52 in [1]). Здесь мы создаем таксономию клеток, комплексный и курируемый репозиторий, который включает в себя всестороннюю подборку литературы, интеграцию данных по отдельным клеткам, многогранную характеристику клеток, межвидовое сравнение и обширную оценку клеточных маркеров и клеточных кластеров. В настоящее время в нем содержится в общей сложности 3143 типа клеток, организованных в стандартизированную таксономию с 26 613 ассоциированными клеточными маркерами, охватывающими 257 состояний и 387 тканей 34 видов. Кроме того, Cell Taxonomy предоставляет интерактивные онлайн-сервисы, облегчающие пользователям прогнозирование типов клеток на основе настроенного списка генов и сравнение типов клеток. Непрерывные усилия по обновлению таксономии клеток включают: Вместе, таксономия клеток обеспечивает тщательно охарактеризованный ландшафт типов клеток и клеточных маркеров в различных тканях разных видов и, таким образом, обладает большим потенциалом для использования в качестве широко полезного клеточного справочника для глобальных научных сообществ. [1] Jiang, Shuai, Qiheng Qian, Tongtong Zhu, Wenting Zong, Yunfei Shang, Tong Jin, Yuansheng Zhang et al. Cell Taxonomy: a curated repository of cell types with multifaceted characterization // Nucleic Acids Research, gkac816 (2023). doi 10.1093/nar/gkac816. Аннотация: Исследования одиночных клеток выявили клеточное разнообразие и выявили растущее число ранее не охарактеризованных типов клеток в сложных тканях. Таким образом, синтез растущих знаний о клеточных характеристиках имеет решающее значение для анализа клеточной гетерогенности, процессов развития и онкогенеза при разрешении одной клетки. Здесь мы представляем таксономию клеток, всеобъемлющее и курируемое хранилище типов клеток и связанных с ними клеточных маркеров, охватывающее широкий спектр видов, тканей и состояний. В сочетании с подбором литературы и интеграцией данных текущая версия таксономии клеток устанавливает хорошо структурированную таксономию для 3143 типов клеток и содержит исчерпывающую коллекцию из 26 613 связанных клеточных маркеров в 257 состояниях и 387 тканях 34 видов. Основанная на 4299 публикациях и транскриптомных профилях отдельных клеток примерно 3,5 миллионов клеток, таксономия клеток включает многогранную характеристику типов клеток и клеточных маркеров, включая оценку качества клеточных маркеров и клеточных кластеров, межвидовое сравнение, клеточный состав тканей и клеточное сходство. на основе маркеров. В совокупности таксономия клеток представляет собой принципиально полезный справочник для систематической и точной характеристики типов клеток и, таким образом, закладывает важную основу для глубокого понимания и изучения клеточной биологии различных видов. Peter Belobrov 06 Jan 2023 00:52 PIT00553 Александр Алексеевич Веденов
 Александр Алексеевич Веденов Круг научных интересов А.А. Веденова чрезвычайно широк, он постоянно находится в поиске новых областей для применения методов теоретической физики, ставит оригинальные задачи и целеустремленно ищет их решение. Он разрабатывает теорию надмолекулярных структур в растворах — лиотропных жидких кристаллов и глин [2, 3]. Его идеи моделирования мышления стимулировали исследования по искусственным нейронным сетям, которые впоследствии образовали целое направление в информатике [5]. А.А. Веденов был профессором кафедры молекулярной биофизики в Московском физико-техническом институте (МФТИ). Он постоянно следил за развитием науки в различных областях физики и биологии, отражая последние достижения в своих лекциях. Его оригинальный взгляд на все вопросы стимулировали интерес к науке и интенсивную самостоятельную работу. Среди его учеников много кандидатов и докторов наук, есть и академики. Мы сейчас восстанавливаем уникальное учебное пособие по современной физике [7], в котором Александр Алексеевич создал собственный метод обучения будущих исследователей настоящей физике. Для работы со стереорисунками в этой книге полезно познакомиться с его брошюрой [6]. Характерной чертой А.А. Веденова было стремление и умение самые сложные вопросы доводить до предельной простоты и делать качественные оценки. Он легко входил в новые для него области науки, знакомился со всей доступной литературой по интересующему его вопросу и не боялся задавать специалистам «глупые» вопросы, добиваясь четких и ясных ответов на них. Эти диалоги всегда способствовали лучшему пониманию сути дела. Александр Алексеевич любил находить для сложных и непонятных явлений простые аналогии из повседневной жизни. А.А. Веденов был сердечным, жизнерадостным, отзывчивым человеком. Его доброжелательность, эрудиция и интерес ко всему новому, его умение быстро «на пальцах» получить нужный ответ притягивали людей. К нему шли люди с самыми разнообразными проблемами и всегда находили понимание, доброжелательную критику, полезный совет или указание на совершенно неожиданную аналогию. В последние годы Александр Алексеевич продолжал интересоваться биологией, разрабатывал физическую модель бактериальной клетки как совокупности полимеризующих молекулярных машин, планировал написать книгу о физических основах жизнедеятельности бактериальной клетки, однако, к сожалению, этому плану уже не суждено было осуществиться. 1. Веденов А.А. Теория турбулентной плазмы. 2. Веденов А.А., Левченко Е.Б. Надмолекулярные жидкокристаллические структуры в растворах амфифильных молекул // УФН 141 (9), 3-53 (1983). 3. Веденов А.А. Физика растворов. Наука, 1984. 111 с. 4. Веденов А.А., Гладуш Г.Г. Физические процессы при лазерной обработке материалов. 1985. 208 с. 5. Веденов А.А. Моделирование элементов мышления. Наука, 1988. 162 с. 6. Веденов А.А. Математика стереоизображений. Знание, 1991. 50 с. 7. Веденов А.А. Физика XX век: Учебное пособие. М.: Химия и жизнь, 1997. 325 с. Издание осуществлено по заказу Московского физико-технического института и было «затеряно». Peter Belobrov 02 Jan 2023 13:14 PIT00552 Ричард Фейнман «Внизу много места» Ричард Фейнман «Внизу много места: приглашение в новую область физики»  Richard P. Feynman. Courtesy of The Archives, California Institute of Technology. Сегодня, спустя ровно 63 года, когда нано шум успокоился, полезно внимательно прочитать стенограмму лекции и понять, что Фейнман приглашает развивать науку, из которой выросла сама физика, имя которой – «Фундаментальная Биология». Эта стенограмма классической речи, которую Ричард Фейнман произнес 29 декабря 1959 года на ежегодном собрании Американского физического общества в Калифорнийском технологическом институте (Калифорнийский технологический институт), была впервые опубликована в Caltech Engineering and Science 23 (5), 22-36 (1960). Статья размещена в инете Richard P. Feynman. Plenty of Room at the Bottom: An Invitation to Enter a New Field of Physics и Feynman's Talk на английском. Перевод (к сожалению, с большими сокращениями) размещен здесь Р.Ф. Фейнман. Внизу полным-полно места: приглашение в новый мир физики // Российский Химический Журнал. Том XLVI (5), 4-6 (2002). Полезно прочитать полный «Обратите внимание, что одним из первых разделов биологии развития была биофизика. И эта область тоже переживает ренессанс. Контакты и прочность связей между клетками, а также сопротивление растяжению субстратов клеток, как представляется, являются критичными для нормального развития. Физические силы необходимы для связывания сперматозоидов с яйцеклеткой, гаструляции, развития сердца, развития кишечника, разветвления эпителия почек и легких и даже развития опухолей. Физические силы могут определять развитие стволовых клеток в конкретном направлении и определять, какая часть тела будет левой, а какая — правой. Коленная чашечка нашего коленного сустава не формируется, пока мы не начнем оказывать на нее давление при ходьбе. Во многих случаях физические силы могут управлять экспрессией генов. [М. Дж. Ф. Барреси, С. Ф. Гильберт. Биология развития. 2022. 803 с., с.17]». Провожая 2022 год и встречая наступающий 2023 год МОЛПИТ приглашает Вас к размышлениям в биологических переменных о Фундаментальных Законах Жизни! Желаем Вам новых чудесных открытий и понимания главной сущности жизни – нарушение биологических законов заканчиваются всегда печальными событиями! Соблюдение Законов Жизни с необходимостью способствует созиданию нового. Дерзайте и созидайте! Peter Belobrov 29 Dec 2022 15:08 PIT00551 Классы аналоговых функций Длительное многолетнее отчаяние после PIT00201 сменилось просветлением. Образ триггера с бесконечным спектром Фурье заданный биологической функцией переключения с одного состояния на другое аналоговый, так как он содержит в себе по определению сравнение времени переключения с временем жизни состояния! Peter Belobrov 27 Dec 2022 15:02
© International Open Laboratory for Advanced Science and Technology — MOLPIT, 2009–2023
|
