molpit
Login:
Password:
remember
PIT00190 RNA-seq etc. А мы-то умные какие!!!

Только что (19/1/15) опубликованная в сети статья заставила меня передвинуть пост с кластерами воды на поздний номер, т.к. появилось совершенно неожиданное подтверждении правильности нашего подхода к родословной клеток. Жаль, конечно, что Ира бросила занятия клеточной родословной, но я точно не брошу, а после такой статьи увеличу мощность поиска новых методов изучения родословной клетки или CellBook по-нашему. Итак, коллегам из Германии и Англии пришлось вводить скрытые переменные совсем как в квантовой физике на заре её развития. И для чего? Чтобы сохранить представление о чистой клеточной линии (lineage) без перемешивания. Но с нашей точки зрение наследование и есть по сути перемешивание клеточных линий, а "чистых линий" в природе не существует, как и чистых клеточных культур, сколь бы стерильными они не были! Это преамбула.

Вот статья «Вычислительный анализ поклеточной гетерогенности в данных одноклеточного РНК-секвенирования выявляет скрытые субпопуляции клеток» [Buettner2015].

Вот аннотация. Новые разработки позволили проводить беспристрастный анализ транскриптомов сотен клеток, открывая возможность для обнаружения новых субпопуляций клеток. Однако влияние потенциальных мешающих факторов, таких как клеточный цикл, на гетерогенность экспрессии генов и, следовательно, на способность надежно идентифицировать субпопуляции остается неясным. Представлен и проверен вычислительный подход, который использует модели скрытых переменных для учета таких скрытых факторов. Мы показали, что наша модель одноклеточных латентных переменных (scLVM) позволяет идентифицировать необнаружимые в противном случае субпопуляции клеток, которые соответствуют различным стадиям во время дифференциации наивных Т-клеток в 2 Т-хелперные клетки. Наш подход может быть использован не только для идентификации клеточных субпопуляций, но также для выявления различных источников гетерогенности экспрессии генов в одноклеточных транскриптомах.

{Buettner2015} Florian Buettner, Kedar N. Natarajan, F. Paolo Casale, Valentina Proserpio, Antonio Scialdone, Fabian J. Theis, Sarah A. Teichmann, John C. Marioni, and Oliver Stegle. Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells // Nature biotechnology 33 (2), 155 (2015). doi 10.1038/nbt.3102 Cited by 588 (1/8/2019)

Продолжение следует PIT00470

Peter Belobrov 03 Feb 2015 02:08
© International Open Laboratory for Advanced Science and Technology — MOLPIT, 2009–2019