molpit
Login:
Password:
remember
PIT00310 Что даёт замена 64 на 57 кодонов?

Редактор Science пишет так. Перекодировкой бактериального генома, можно создавать организмы, которые потенциально могут синтезировать продукты обычно не встречаются в природе. Систематической заменой семи кодонов с синонимичных альтернативами для всех белок-кодирующих генов, Ostrov и др. переделали геном E.coli. Число кодонов в генетическом коде E.coli было снижено с 64 до 57 путем удаления всех экземпляров стоп-кодона UAG и вырезанием двух аргининовых кодоны, двух лейциновых кодонов и двух сериновых кодонов. Функциональность для более 90% был успешно сохранена. В 10% случаях реконструированные бактерии не были жизнеспособными, но эти несколько неудач предлагали интересные идеи в геном-конструкторских проблемах, и в том, что необходимо для жизнеспособного генома.

Nili Ostrov et al. Design, synthesis, and testing toward a 57-codon genome // Science 353 (6301), 819-822 (19 Aug 2016). DOI 10.1126/science.aaf3639

Резюме. Перекодировка - перепрофилирование генетических кодонов - это мощная стратегия для усиления геномов с функциями, не встречающимися в природе. Здесь мы сообщаем о вычислительный дизайне, синтезе и прогрессе на пути к сборке 3,97-мегабаз, используя 57-кодонов генома кишечной палочки, в котором все 62,214 экземпляров семи кодоны были заменены синонимичными альтернативами во всех белок-кодирующих генах. Подтверждено перекодирование 63% генов индивидуальным тестированием 55 сегментов по 50 т.п.н. каждый. Мы заметили, что 91% протестированных важных генов сохранили функциональность с ограниченным эффектом. Показано, выявлено и исправлены летальные исключения, только 13 из которых были найдены в 2229 генах. Эта работа подчеркивает возможность переписывания геномов и создает основу для крупномасштабного проектирования, монтажа, устранения неполадок и анализа фенотипически синтетических организмов.

В разделе In depth Synthetic Biology этого выпуска Science есть статья
John Bohannon. Mission possible: Rewriting the genetic code // Science 353 (6301), 739 (19 Aug 2016). DOI 10.1126/science.353.6301.739

Резюме. Термин "взлом жизни" обычно относится к умным ухищрений, которые делают вашу жизнь более продуктивной. Но на стр. 819, группа ученых приходит на шаг ближе к буквальному значению: взлом машины самой жизни. Они разработаны, хотя и не в полностью собранном виде, синтетический геном кишечной палочки, которая могла бы использовать белок-кодирующей схему, отличную от той, которая используется всеми известными форм жизни. Требуя ошеломляющие 62000 изменения ДНК, готовый геном будет самым сложным подвигом генной инженерии до сих пор. Этот переписанный геном E.coli может стать новой лошадкой для лабораторных экспериментов и заводом для новых промышленных химических веществ, предсказывают его создатели.

Эти аннотации позволяют понять, что было сделано в Гарварде http://arep.med.harvard.edu/ группой Чёрча.

Здесь http://www.vesti.ru/doc.html?id=2789460&cid=2161 мало понятное описание. Поэтому и приведены выше корявые переводы трёх аннотаций на русский.

Все вопросы о кодировке коротко- и длинно-цепочечных не кодирующих белки РНК остаются открытыми. Возможно, это содержится в 10% неудач? Проблема чем и как РНК управляет взаимодействиями в клетке открыта!

Peter Belobrov 22 Aug 2016 13:38
© International Open Laboratory for Advanced Science and Technology — MOLPIT, 2009–2021