Самоорганизация матричной мРНК снова привлекла внимание в свете работы белков с профилем метилирования мРНК в живой клетке. Интересную точку зрения на чтение кода РНК высказал недавно Ральф Клейнер {Kleiner2018}. Только что появился препринт «Модель целой клетки млекопитающих in-silico раскрывает влияние пространственной организации на эффективность сплайсинга РНК» {Ghaemi2018}, перевод аннотации которого приведен ниже. Аннотация. Пространственная организация является характеристикой эукариотических клеток, достигаемая за счет использования как мембранных, так и не связанных с мембраной органелл. Моделируется влияние этой организации и гетерогенности органелл на сплайсинг РНК (процесс создания матричной РНК, готовой для трансляции) и на сращивание частиц (строительных блоков для машинерии сплайсинга) в клетках млекопитающих. Мы построили пространственно-разрешенную целостную модель клетки HeLa из различных экспериментальных данных и разработали реакционные сети для описания процессов сплайсинга РНК. Мы включили эти сети в нашу цельноклеточную модель и провели стохастическое моделирование в течение 15 минут биологического времени. Мы нашли, что число ядерных пористых комплексов влияет на количество собранных сплайсирующих частиц; что небольшое увеличение локализации сплайсинговых частиц в ядерных спеклах (не связанных с мембраной органелл) приводит к непропорциональному усилению сплайсинга мРНК и уменьшению шума транскрипции; и что компартментализация имеет решающее значение для правильного выхода собранных частиц. Наша модель также предсказывает, что расстояние между генами и спеклами оказывает значительное влияние на эффективную скорость производства мРНК, что еще больше подчеркивает важность организации генома вокруг спеклов. Модель клетки HeLa, включая органеллы и подкомпоненты, обеспечивает адаптивную основу для изучения других клеточных процессов, которые сильно модулируются пространственно-временной гетерогенностью.

{Kleiner2018} Ralph E. Kleiner. Reading the RNA Code // Biochemistry 57 (1), 11–12 (2018). doi 10.1021/acs.biochem.7b00866

{Ghaemi2018} Zhaleh Ghaemi, Joseph Peterson, Martin Gruebele, and Zaida Luthey-Schulten. An In-Silico Mammalian Whole-Cell Model Reveals the Influence of Spatial Organization on RNA Splicing Efficiency // Preprint bioRxiv (2018): 435628. doi 10.1101/435628