molpit
Login:
Password:
remember
PIT00465 Советы от Ron Milo and BioNumbers

С биочислами Рона Мило МОЛПИТ знаком с января 2014 PIT00049, PIT00366, PIT00367, PIT00442, PIT00461 и др.

Ещё на физическом блоге Nature Рон Мило говоря о базе данных BioNumbers интересные мысли высказал - читайте.

Рон Мило и база данных BioNumbers


11 апреля 2018 | 9:07| Отправлено Зоей Будрикис | Категория: Взаимодействия

Какова площадь поверхности кишечника мыши? Какова длина персистентности ДНК? Каков диаметр типичной человеческой эритроцита?

Такого рода вопросы возникают при построении физических моделей биологических систем, и нахождение ответов часто может включать в себя обширный поиск литературы. Одним из ресурсов, который надеется «облегчить количественный анализ и обоснование» в биологии, является база данных BioNumbers, веб-сайт, который каталогизирует числовые значения биологических величин. База данных может просматриваться по категориям или делать поиск по ключевым словам, и предоставляет ссылку на первоисточник каждого числа. Это происходит с 2007 года и теперь охватывает категории от водорослей до цинка.

(Из BioNumbers: кишечные пути мыши имеют площадь поверхности 1,41 м^2; длина ДНК составляет около 50 нм; диаметр эритроцитов человека составляет 7,7 мкм.)

Мы спросили Рона Мило, системного биолога и разработчика BioNumbers, о проекте.

Как появилась идея для BioNumbers?

Я был научным сотрудником Гарвардской медицинской школы и пытался разложить по конвертам некоторые оценочные подсчеты с моими приятелями Майком Спрингером и Полом Йоргенсеном, и мы обнаружили, что ни одна из книг и интернет-ресурсов не может дать нам то, что нам нужно, поэтому мы решили начать создавать базы данных сами.

Как рос и развивался проект? У Вас есть какие-то цели на будущее?

Он быстро сформировался в первый год и с тех пор расширяется. Книга, недавно вышедшая с Робом Филлипсом, помогает понять ключевые идеи из доступных номеров и доступна бесплатно в Интернете.
Вы можете свободно скачать драфт книги Cell Biology by the Numbers 2015 года.
В следующем году я планирую модернизировать интерфейс, чтобы его было проще использовать с мобильными устройствами, сделать его более интуитивным и т.д.

В своей книге «Клеточная биология в числах» вы сопровождаете таблицы чисел виньетками по затронутым темам - есть ли у вас любимый материал, которым вы хотели бы поделиться?

Мне нравится раздел, где мы говорим о том, сколько ионов H+ в клетке - только около 100 в бактериальной клетке! Мне также нравится один из них о скорости оборота различных тканей в организме и о том, как эта цифра была выведена с помощью ядерных испытаний.

Есть ли у вас какие-либо советы для физиков, которые заинтересованы в работе над проблемами биологии?

Не беспокойтесь обо всем жаргоне, это поле, в которое вы можете легко проникнуть в суть, читая учебники, которые сами переворачивают страницы, и обращаясь к Википедии, когда это необходимо. Есть низко висящие фрукты, готовые к сбору, но вы должны быть готовы решить проблемы, создав собственную импровизированную биологическую модель и не всегда превращая всё в любимую модель Изинга.

Peter Belobrov 16 Jun 2019 14:50
© International Open Laboratory for Advanced Science and Technology — MOLPIT, 2009–2019