9:25-9:45am) - Shila Ghazanfar, University of Cambridge. 2022 Seattle Cell Science Symposium - Day 2, 1.03.16-1.22.22 “Data integration for molecule-resolved spatial gene expression of mouse organogenesis” = «Интеграция данных для экспрессии пространственного гена с молекулярным разрешением в органогенезе мыши».

Аннотация: Профилирование диссоциированной транскрипции одиночных клеток расширило наши знания о молекулярных основах развития. Новые технологии пространственной транскриптомики, такие как seqFISH, позволяют точно обнаруживать молекулы РНК в их естественном пространственном контексте. Здесь мы применили seqFISH для создания пространственной карты органогенеза мыши с высоким разрешением, с сотнями генов-мишеней, захваченных в срезах тканей. Путем компьютерной интеграции этого пространственного контекста и мультиплексных измерений транскрипции с транскриптомными атласами отдельных клеток в целом мы можем выявить направления клеточной дифференцировки, которые не сразу очевидны из любой технологии в отдельности.

Ранний органогенез мыши - клетки в пространстве органа

Библиография

{Lohoff2022} Lohoff, T., S. Ghazanfar, A. Missarova, N. Koulena, N. Pierson, J. A. Griffiths, E. S. Bardot et al. Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis // Nature biotechnology 40 (1), 74-85 (2022). doi 10.1038/s41587-021-01006-2