Рождественский подарок в этом году шикарный: новые возможности нахождения интересующего вас типа живых клеток в тщательно подобранном репозитории типов клеток с многосторонней характеристикой Cell Taxonomy

Новости сайта

29.07.2022: Обновлены термины для типов клеток, а также связанные идентификаторы таксономии клеточных популяций в исследованиях scRNA-seq.
21.07.2022: При ручной проверке результатов курирования избыточные типы клеток устаревают, а типы клеток, добавленные в актуальную онтологию клеток, обновляются.
25.05.2022: Добавлена ​​панель распределения типов клеток по тканям.
21.05.2022: Включены четыре крупномасштабных атласа отдельных клеток человека от Human Cell Atlas Consortium, содержащие . . . (см детальнее в Cell Taxonomy).

Таксономия установленных типов клеток подробно описана в открытой статье [1].

Рис.1. Схематический обзор содержимого и функций Cell Taxonomy. Данные организованы и просматриваются с точки зрения типов клеток, клеточных маркеров, тканей, видов, условий, исследований и публикаций. Предоставляется многогранная клеточная характеристика, включая подтвержденные литературой данные, обогащение клеточных маркеров, межвидовое сравнение, оценка клеточных кластеров и клеточная характеристика. Два инструмента анализа развернуты онлайн для сравнения и прогнозирования типов клеток.

Рис.2. Статистика таксономии клеток и оценка клеточных маркеров и клеточных кластеров. (A) 10 основных типов клеток, поддерживаемых публикациями, а также их статистика с точки зрения клеточных маркеров, тканей, условий и публикаций. (B) Характеристика клеточных маркеров в аспекте маркеров клеточной поверхности, утвержденных мишеней для лекарств и сохранения у разных видов. (C) 10 лучших поддерживаемых публикациями клеточных маркеров эндотелиальных клеток человека и мыши. Уровни статистической значимости по p-значениям рассчитываются с помощью точного критерия Фишера с коррекцией FDR (BH) и кодируются. (Д) Высоко выраженное соотношение PECAM1 в типах клеток человека. (E) Распределение кратности изменения экспрессии PECAM1 в различных типах клеток человека по образцам. (F) Оценка клеточной специфичности PECAM1 в различных типах клеток человека в образцах. (G) Оценка качества клеточных кластеров для эндотелиальных клеток на основе коэффициента силуэта, оценки чистоты ROGUE и их усредненных оценок, а также количества клеток. (H) график t-SNE типов клеток (см [1]).

ОБСУЖДЕНИЕ И БУДУЩЕЕ РАЗВИТИЕ [1]

Технологии мультиомного секвенирования отдельных клеток привели к большому количеству исследований отдельных клеток, проведенных по всему миру, в результате чего был получен беспрецедентный перечень типов клеток (refs 48–52 in [1]). Здесь мы создаем таксономию клеток, комплексный и курируемый репозиторий, который включает в себя всестороннюю подборку литературы, интеграцию данных по отдельным клеткам, многогранную характеристику клеток, межвидовое сравнение и обширную оценку клеточных маркеров и клеточных кластеров. В настоящее время в нем содержится в общей сложности 3143 типа клеток, организованных в стандартизированную таксономию с 26 613 ассоциированными клеточными маркерами, охватывающими 257 состояний и 387 тканей 34 видов. Кроме того, Cell Taxonomy предоставляет интерактивные онлайн-сервисы, облегчающие пользователям прогнозирование типов клеток на основе настроенного списка генов и сравнение типов клеток. Непрерывные усилия по обновлению таксономии клеток включают:
(i) ручное отслеживание типов клеток и клеточных маркеров из недавно опубликованных исследований,
(ii) интеграцию недавно выпущенных наборов данных, охватывающих больше одноклеточных омиков, видов, тканей и состояний,
(iii) частые обновления веб-интерфейсов для улучшения представления и визуализации данных,
(iv) расширение внешних ссылок на соответствующие ресурсы базы данных и
(v) добавление функции отправки для приема информации, выбранной пользователем.

Вместе, таксономия клеток обеспечивает тщательно охарактеризованный ландшафт типов клеток и клеточных маркеров в различных тканях разных видов и, таким образом, обладает большим потенциалом для использования в качестве широко полезного клеточного справочника для глобальных научных сообществ.

[1] Jiang, Shuai, Qiheng Qian, Tongtong Zhu, Wenting Zong, Yunfei Shang, Tong Jin, Yuansheng Zhang et al. Cell Taxonomy: a curated repository of cell types with multifaceted characterization // Nucleic Acids Research, gkac816 (2023). doi 10.1093/nar/gkac816. Аннотация: Исследования одиночных клеток выявили клеточное разнообразие и выявили растущее число ранее не охарактеризованных типов клеток в сложных тканях. Таким образом, синтез растущих знаний о клеточных характеристиках имеет решающее значение для анализа клеточной гетерогенности, процессов развития и онкогенеза при разрешении одной клетки. Здесь мы представляем таксономию клеток, всеобъемлющее и курируемое хранилище типов клеток и связанных с ними клеточных маркеров, охватывающее широкий спектр видов, тканей и состояний. В сочетании с подбором литературы и интеграцией данных текущая версия таксономии клеток устанавливает хорошо структурированную таксономию для 3143 типов клеток и содержит исчерпывающую коллекцию из 26 613 связанных клеточных маркеров в 257 состояниях и 387 тканях 34 видов. Основанная на 4299 публикациях и транскриптомных профилях отдельных клеток примерно 3,5 миллионов клеток, таксономия клеток включает многогранную характеристику типов клеток и клеточных маркеров, включая оценку качества клеточных маркеров и клеточных кластеров, межвидовое сравнение, клеточный состав тканей и клеточное сходство. на основе маркеров. В совокупности таксономия клеток представляет собой принципиально полезный справочник для систематической и точной характеристики типов клеток и, таким образом, закладывает важную основу для глубокого понимания и изучения клеточной биологии различных видов.