Рождение устойчивого понимания некодирующего генома произошло совсем недавно и определилось некодирующими белки РНК. И лишь сейчас изучение некодирующего генома становится систематическим (66% статей опубликованы за 4 последних года). Важное применение CRISPR (см. PIT00338) экран нашел для открытия функциональных некодирующих элементов путём опроса функциональных элементов в некодирующем геноме с высоким разрешением. По этой теме есть пара статей

{Sanjana2016} Neville E. Sanjana, Jason Wright, Kaijie Zheng, Ophir Shalem, Pierre Fontanillas, Julia Joung, Christine Cheng, Aviv Regev, and Feng Zhang. High-resolution interrogation of functional elements in the noncoding genome // bioRxiv (2016), 049130. doi 10.1101/049130

{Wright2016} Jason B. Wright, and Neville E. Sanjana. CRISPR Screens to Discover Functional Noncoding Elements // Trends in Genetics 32 (9), 526-529 (2016). doi 10.1016/j.tig.2016.06.004

Рис.1. из [Wright2016]

Нашлись эти статьи при поиске "тёмной материи" в клетке (соответствующий пост готовится). Вот аннотация статьи [Sanjana2016]. Наши результаты показывают, что cas9 опосредует систематическое рассечение некодирующих локусов, что может определить функциональные элементы, участвующие в регуляции генов. В сочетании с другими наборами данных и геномными анализами с высокой пропускной способностью, мы демонстрируем идентификацию областей, где изменения в контексте хроматина и связывание фактора транскрипции причинно связаны с потерей экспрессии генов. Обобщение этого подхода вместе с расширением объединенных экранов CRISPR в некодирующем геноме откроет новые пути обнаружения соответствующих элементов фенотипа и дополнительных методов для беспристрастного опроса «темной материи» генома и выяснения её значения в регуляции экспрессии генов.

На русском языке на ленте.ру 18/5/16 А. Еникеев подробно реферирует статью [Sanjana2016] (правда, без ссылки на саму статью, но приводит из неё почти все рисунки) под названием Доковырялись Тайну «темной материи» генома разгадали с помощью CRISPR-Саs9.

Среди 35 статей по запросу “Dark Matter” of the "noncoding genome" нашлась новая статья (глава из книги) с хорошим объяснением темной материи клетки.

Samantha Barichievy, Loretta Magagula, Youtaro Shibayama, and Musa M. Mhlanga. Microbial Manipulation Host Dark Matter // Non-coding RNAs and Inter-kingdom Communication, pp. 27-52. Springer International Publishing, 2016. doi 10.1007/978-3-319-39496-1_2 Аннотация. В 2010 году Фрэнсис Коллинз назвал транскрибированные, но еще нетранслированные, компоненты человеческого генома «темной материей», термин, часто используемый астрофизиками для описания огромного количества невидимого гипотетического вещества, которое составляет большую часть нашей вселенной. С тех пор генетики многое установили в массиве биологических контекстах от рака до биологии развития. В последние годы быстро успехи были достигнуты в направлении выявления функциональной биологической роли длинных некодирующих РНК (lncRNAs), которые составляют 70-90% геномной темной материи млекопитающих. Становится все более очевидным , что основная функция нашего некодирующего генома состоит в регулировании кодирования генома. Это делает геномную темную материи привлекательной мишенью для эволюции патогенов, которым необходимо изменить среду клетки - хозяина в целях их выживания и распространения. В этом обзоре, мы обратили внимание на состав геномной темной материи млекопитающих, которыми манипулируют вирусные и микробные патогены. Мы также рассматриваем глубже участие нкРНК, в том числе усиливающих РНК (eRNAs), в формировании врожденного иммунного ответа против внутриклеточных патогенов. Этот комментарий подчеркивает, что как темный так и заумный наш некодирующий геном не разгадан до сих пор, особенно в контексте инфекционной биологии.

Ana Lúcia Leitão, and Francisco J. Enguita. Non-coding RNAs and Inter-kingdom Communication. 2016. 251 p.

Книгу можно назвать "Некодирующие РНК и биологические взаимодействия между царствами (Inter-kingdom Communication)". 14 глав разбиты на две знаменательные части

Non-coding RNAs in Bacterial and Viral Interactions with Different Hosts
Некодирующие РНК в бактериальных и вирусных взаимодействиях с различными хозяевами

Non-coding RNAs and Interactions Between Eukaryotic Organisms
Некодирующие РНК и взаимодействия между эукариотическими организмами